1996年，管理科学与工程学科获批建设；2008年，被批准为北京市重点建设学科；2016年，在教育部第四轮学科水平评估中获评C+。2018年，本学科与首都经济贸易大学联合培养博士研究生；2019年，与北京交通大学开展学科共建，成为北京市高精尖建设学科。管理科学与工程学科是北京物资学院建设高水平特色型大学的重要支撑，重视以物流与供应链领域为特色研究方向、以国家物流与供应链相关政策为导向，坚持基础理论研究和应用研究并重，创新物流与供应链管理工程领域的关键方法和核心技术，成为国内物流与供应链相关领域的重要研究平台。

管理科学与工程学科现设有四个研究方向，分别为物流与供应链管理、采购理论与方法、优化理论与方法、信息技术与管理。

1.物流与供应链管理方向

主要研究企业物流系统优化设计、城市配送、供应链战略、物流网络、资源配置优化等问题，建立本土化的物流与供应链理论体系，为企业、城市、国家与区域的物流系统规划、物流网络优化、物流资源整合、物流系统运营优化提供设计方案。重点研究领域为：物流与供应链系统理论研究、企业物流系统、城市物流。

2.采购理论与方法方向

主要研究政府采购、大宗商品采购理论与方法，建立本土化的采购理论体系。重点研究领域为：采购管理理论与运作系统优化研究、采购商品质量控制方法研究。

3.优化理论与方法方向

主要研究大数据环境下复杂系统设计与运营相关的建模与优化分析、复杂博弈问题。重点研究领域为：大规模复杂系统优化设计与运营管理研究、数据挖掘与应用研究。

4.信息技术与管理方向

主要面向现代管理与服务需求，研究复杂系统的组织与运营的智慧化、数字化、网络化、自动化技术与方法及最佳实践。重点研究领域为：智慧物流系统的组织与协同研究、商务智能研究。