2010年，国家批准新开设工程管理（MEM）专业硕士学位授权点，主要培养既具有扎实的工程技术基础、又具备现代管理素质与能力，能够有效推动我国工程领域技术创新与技术发展，有效计划、组织、协调和控制工程实践及技术开发等活动的产业骨干、跨界的工程领域管理专家和高层次的工程管理应用型人才。物流学院工程管理（MEM），由物流工程学位授权点调整形成，并于2020年开始正式招生。2005年，物流工程学位点开始建立。本着立足北京、依托行业、面向全国的人才培养发展目标，已经建成能适应我国经济建设与社会发展需要的国内一流、国际有影响力的专业学位授权点。工程管理（MEM），结合自身优势学科，设置物流工程方向，课程体系涵盖物流工程项目全过程的管理。

工程管理（MEM）现设有四个研究方向，分别是企业物流、区域及城市物流、供应链管理、智能物流。

1.企业物流

针对制造企业、分销企业、电子商务企业和物流企业的实际物流工程问题，采用实证研究、系统建模、仿真优化等研究方法，研究物流网络优化、运输方式及运输路径优化、库存网络优化、仓储优化、物流绩效评估等问题。通过研究为企业提供物流系统及子系统各类规划及优化的解决方案。

2.区域及城市物流

针对城市物流问题，运用系统论、协同学、产业集群、增长极、点轴开发、网络布局等理论，采用系统分析、实地调研、数学统计、线性规划、虚拟仿真等方法，解决城市物流需求预测、区域及城市的物流系统构建、结点布局、物流网络、城市配送、信息系统、政策体系规划及城市物流管理等问题，通过研究为政府和企业制定物流专项规划和系统优化方案。

3.供应链管理

针对企业国际供应链构建、企业资源优化配置、企业物流系统优化、区域经济布局、社会生态可持续发展等实际问题，运用经济学、管理学、博弈理论、系统理论、信息技术、大数据技术、等专业知识研究供应链成员间的决策行为、利益分配机制、供应链风险识别与控制、供应链稳定性等问题。以使企业用最少的成本实现从原材料采购到最终产品制造完成并交付给消费者使用的过程。

4.智能物流

智能物流系统是基于物联网技术的广泛应用基础上，利用先进的信息技术、云计算、大数据、人工智能及智能物流装备技术，完成包括运输、仓储、配送、包装、装卸等多项基本活动的货物从供应者向需求者移动的整个过程，为供方提供最大化利润，为需方提供最佳服务，同时消耗最少的自然资源和社会资源，最大限度地保护好生态环境的整体智能社会物流体系。包括智能物流系统优化理论与方法、物联网与大数据技术、智能物流装备及系统研究三个特色研究领域。